Новый микроскоп обычно появляется тогда, когда возможностей стандартной модели уже недостаточно. Причиной может стать необычная форма образца, большой размер исследуемой детали, необходимость работать в отраженном свете или требование вывести изображение сразу на цифровую камеру. Иногда задача выглядит простой: увеличить рабочее расстояние или добавить дополнительный канал наблюдения. На практике даже такая доработка затрагивает почти весь прибор.
При проектировании сначала определяют, с каким объектом предстоит работать и какую информацию необходимо получить. Для металлографического микроскопа важны равномерное освещение поверхности и уверенная передача мелких деталей структуры. В приборах для контроля электронных компонентов требуется большое поле зрения, свободный доступ к плате и достаточное расстояние между объективом и образцом. Поляризационные микроскопы имеют другую компоновку: в оптический тракт вводятся поляризатор, анализатор, компенсаторы и поворотный предметный столик.